Prolin se často nachází na konci α šroubovice nebo v zatáčkách či smyčkách. Na rozdíl od jiných aminokyselin, které v polypeptidech existují téměř výhradně v transformě, může prolin v peptidech existovat v cis-konfiguraci.
Obsahují alfa helixy zbytky prolinu?
Nyní, když je v Proteinové databance více než 30 000 proteinových struktur, je jasné, že prolinové zbytky jsou přítomny v α-helixech, kde často hrají důležitou roli ve struktuře a funkci proteinu.
Jaké aminokyseliny jsou v alfa helicích?
Kterákoli z 20 aminokyselin se může podílet na α-šroubovici, ale některé jsou oblíbenější než jiné. Ala, Glu, Leu a Met se nejčastěji vyskytují v šroubovicích, zatímco Gly, Tyr, Ser a Pro jsou méně pravděpodobné.
Obsahují beta listy prolin?
Proline není upřednostňován ve strukturách beta listů, protože nemůže dokončit síť H-spojení. Pokud se prolin vyskytuje v listech, může to být vyboulenina nebo okraj listu, kde nedostatek doneru amino vodíkové vazby není kritický.
Co obsahuje alfa šroubovice?
Alpha helix (α-helix) je společný motiv v sekundární struktuře proteinů a je to konformace pravé ruky-helix, ve které je každá páteřní N−H skupina vodíkem vazby na páteř C=O. skupina aminokyseliny umístěné o čtyři zbytky dříve v proteinové sekvenci.
