artefakty primeru dimeru se obvykle vyskytují při velkém počtu prahových cyklů (obvykle > 35 cyklů), které je vyšší než prahové číslo cyklu pro požadovaný amplikon. Primerové dimery se výrazně zvyšují, když je přidána heterologní genomová DNA.
Kde byste viděli dimery primerů na DNA gelu?
V nekvantitativní koncové PCR se bude dimer primeru jevit jako víceméně slabý nátěr na agarózovém gelu, pod pásmem požadovaného produktu.
Jak se tvoří dimery primeru?
Primerové dimery se tvoří když se dva primery vážou k sobě navzájem, místo k templátové DNA, kvůli oblastem komplementarity primerů.
Jak zjišťujete dimery primeru?
Nejjednodušší způsob, jak zkontrolovat primer-dimery, je porovnat své reakce s vaší negativní kontrolou (voda místo DNA nebo RNA). V negativní kontrole se budou stále tvořit primerové dimery. U některých sad primerů je pravděpodobnější, že vytvoří dimery než u jiných.
Proč se objevují dimery primerů?
Jsou vidět převážně dimery primerů kvůli vysoké koncentraci primeru v reakční směsi PCR. Nebo pokud není PCR amplifikace a můžete vidět na primeru dimeru v agarózovém gelu. Pokud vidíte produkt PCR, můžete snížit koncentraci primárního produktu a zachovat ostatní podmínky stejné.