Modely homologie lze také použít k identifikaci jemných rozdílů mezi souvisejícími proteiny, které nebyly všechny strukturálně vyřešeny . Metoda byla například použita k identifikaci vazebných míst kationtů na Na+/K+ ATPase a k navržení hypotéz o vazebné afinitě různých ATPáz..
K čemu se homologní modely používají?
Homologické modelování je jednou z výpočtových metod predikce struktury, které se používají k určení 3D struktury proteinu z jeho aminokyselinové sekvence. Je považována za nejpřesnější z výpočetních metod predikce struktury. Skládá se z několika kroků, které jsou přímočaré a snadno použitelné.
Co je homologní modelování a proč je potřeba?
Homologické modelování získává trojrozměrnou strukturu cílového proteinu založenou na podobnosti mezi templátovými a cílovými sekvencemi a tato technika se ukázala jako účinná, pokud jde o studium membránových proteinů, které je těžké krystalizovat jako GPCR, protože poskytuje vyšší stupeň porozumění …
Jak vytvoříte model homologie?
modelování homologie zahrnuje několik kroků
- výběr šablony pomocí vaší cílové sekvence. Pro tento účel můžete provést BLASTp vyhledávání proti všem dostupným proteinovým strukturám (PDB). …
- Zarovnání šablony a cílové sekvence. …
- Kvalita vašeho modelu. …
- Upřesněníodpovídajícím způsobem vašeho modelu.
Co dělá dobrou homologii Modelování?
Pokud definujeme „vysoce úspěšný homologický model“jako model, který má <=2 Å rmsd z empirické struktury, pak templát musí mít >=60% sekvenční identitu s cílem, aby byl úspěch sazba >70 %. Dokonce i při vysoké sekvenční identitě (60%-95%) má až jeden z deseti homologických modelů rmsd >5 Å vs.
