Vzhledem k tomu, že sonikace může potenciálně degradovat proteiny a denaturovat proteinové epitopy, dále jsme hodnotili dopad sonikace na integritu proteinu.
Může sonikace poškodit proteiny?
Populární odpovědi (1)
Standardní sonikační protokol spíše nemůže způsobit fragmentaci proteinu- energie je příliš nízká. Nemělo by to způsobit ani jeho denaturaci. Může být denaturován, když jej příliš dlouho sonikujete a přehříváte vzorek. Pokud používáte niklovou chromatografii, ostatní pásma mohou být pouze nečistoty.
Může sonikace narušit peptidové vazby?
Sonikace nemůže normálně rozbítprimární strukturu proteinu, protože tato struktura (sekvence aminokyselin) je vytvořena z kovalentních vazeb, které jsou mnohonásobně silnější než vazby vodíkové a sonikace může poskytnout energii potřebnou k přerušení těchto vazeb.
Rozbije sonikace jadernou membránu?
A krátká sonikace s nízkou energií může narušit plazmatickou membránu, aniž by narušila příliš mnoho mitochondriálních nebo jaderných membrán, což vede k taktním mitochondriím.
Je pro extrakci proteinu nutná sonikace?
Solubilizace v detergentu (např. SDS), která je nutná pro izolaci membránových proteinů, vede k lepidlu podobnému lyzátu primárně kvůli nukleovým kyselinám. K rozrušení těchto nukleových kyselin je proto v takových případech vyžadována sonikace. Sonikace generuje hodně tepla a není vhodná promnoho bílkovin.
