Metody založené na zachycení konformace chromozomů (3C) odhalují organizaci chromozomů v jádře určením fyzické blízkosti párů bodů podél chromatinu. Zachovávají interakce chromatinu síťováním následovaným fragmentací, ligací a sekvenováním interagujících oblastí.
Jak funguje zachycení konformace chromozomů?
Zachycení konformace chromozomu-on-chip (4C) zachycuje interakce mezi jedním lokusem a všemi ostatními genomickými lokusy. Zahrnuje druhý krok ligace, aby se vytvořily samookruhované fragmenty DNA, které se používají k provádění inverzní PCR. … Na jednom mikročipu lze analyzovat přibližně milion interakcí.
Co je zachycení konformace chromatinu?
Chromatin Conformation Capture (3C) je důležitá technika používaná ke studiu struktury chromatinu, stejně jako základ pro několik dalších derivačních technik. … Protokol zahrnuje formaldehydové zesítění buněk s následnou izolací chromatinu a štěpením restrikčním enzymem.
Jak funguje sekvenování Hi-C?
Přístup Hi-C rozšiřuje 3C-Seq na mapování kontaktů chromatinu v celém genomu a byl také aplikován na studium interakcí chromatinu in situ. Při této metodě se komplexy DNA-protein zesíťují formaldehydem. Vzorek je fragmentován a DNA je extrahována, ligována a štěpena restrikčními enzymy.
Co je technika Hi-C?
Klasická technika Hi-C zahrnuje restrikční štěpení formaldehydem zesíťovaného genomu se sekvenčně specifickými restrikčními enzymy, následované vyplněním a opravou štěpených konců se začleněním nukleotidy vázané na biotin. Opravené konce jsou poté znovu spojeny.
